A fines de 2006, la parte sudoeste de Malasia experimentó desastrosas inundaciones, las peores en cien años. No sólo las regiones bajas sino también muchos pueblos y ciudades se vieron afectados, incluyendo Kota Tinggi, Kluang, Kulai y Muar. Las aguas alcanzaron entre 1.5 y 3 metros y la mayor parte de las áreas fueron cerradas al tráfico. Diez días después de que comenzaran las inundaciones, el nivel del agua todavía llegaba a 0.3 metro en algunas zonas.
La filial de Johor de la Soka Gakkai de Malasia (SGM) respondió estableciendo equipos de ayuda de emergencia el primer día del desastre. Debido a que muchos caminos estaban cerrados, estos equipos se comunicaban vía telefónica con las personas de las áreas afectadas para evaluar su situación y asegurar la eficiencia y efectividad de sus esfuerzos. Sólo después de tres días, los equipos pudieron viajar a las zonas del desastre para entregar agua potable y provisiones a algunas víctimas. Al cuarto día, alrededor de 80 voluntarios de la SGM transportaron alimentos, agua y provisiones a las regiones afectadas. Por el 31 de diciembre, además de la entrega de provisiones de emergencia, los voluntarios, que sumaban ya 200, asimismo ayudaron a las familias damnificadas a limpiar y reparar sus casas para que pudieran comenzar a restaurar la normalidad en sus vidas. Muchos de aquellos que se unieron a colaborar, también eran víctimas de la inundación, y su conocimiento de las condiciones locales permitieron mejorar las actividades de ayuda.
Los días 5 y 6 de enero de 2007, la SGM donó RM 50.000 (aproximadamente, 14.300 dólares estadounidenses) a 67 familias que estaban entre las más seriamente afectadas. El centro de Johor la SGM también recolectó provisiones de la comunidad y las distribuyó a los damnificados.
El 12 de enero, nuevas lluvias torrenciales causaron más inundaciones. La ciudad de Kota Tinggi estuvo entre las más seriamente afectadas, con áreas sumergidas hasta 4 metros en agua. Dos días después, los voluntarios de la organización malasia de Johor transportaron agua potable hasta las zonas de desastre. Ellos también arrendaron tres botes a motor para localizar y asistir a las víctimas varadas por las inundaciones.
Del 14 al 21 de enero, la SGM estableció un centro de ayuda de emergencia en Kota Tinggi para recolectar fondos y provisiones alimenticias de sus miembros locales, el Club de Leones, comerciantes locales y personas interesadas. Los voluntarios del centro también prepararon comida, alimentando a 1.000 víctimas de la inundación cada día.
El 30 de enero, la SGM realizó una actuación cultural especial a cargo del Tianjin Cathay Future Children’s Art Group, en su centro de Johor, para celebrar el Año Nuevo chino. Ellos lo transformaron en un evento de beneficencia, recaudando RM 33.000 para las víctimas de la inundación.
